System membranowy został zaprojektowany w oparciu o ciągłą pracę, ale w rzeczywistej pracy zawsze będzie pewna częstotliwość uruchamiania i zamykania. Po wyłączeniu układu membranowego, produkowana woda lub wstępnie oczyszczona woda kwalifikowana musi być używana do płukania pod niskim ciśnieniem, aby zastąpić zagęszczoną wodę o wysokim stężeniu, ale zawierającą inhibitory w skali,membranapierwiastki. Należy również podjąć środki w celu zapobieżenia wyciekowi wody w systemie i wprowadzeniu powietrza, ponieważ jeśli składniki stracą wodę i wysychają, może wystąpić nieodwracalna utrata strumienia wody. Jeśli wyłączenie jest mniej niż 24 godziny, nie ma potrzeby podejmowania środków, aby zapobiec wzrostowi mikroorganizmów. Jeżeli jednak czas wyłączenia przekracza wyżej wymienione przepisy, należy użyć cieczy ochronnej do konserwacji systemu lub regularnego płukania układu membranowego.





